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除了功能大小的限制之外，此方法的另一個缺點是設計人員可能仍需要定制一些工具來增強OpticStudio提供的功能。例如，如參考文獻[4]中所述，目前尚無原生序列表面支撐起泡的下垂。用戶需要創建自己的序列表面DLL來建模唯一的表面下垂。此外，當前OpticStudio不支援在例如Y-Z平面上顯示橫截面PSF。如參考文獻[4]中所述，需要一個巨集來掃描不同Z位置的PSF並創建圖。

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